في إطار الانفتاح الدولي للمركز الوطني للبحث العلمي والتقني، يدير قسم التعاون العديد من اتفاقيات التعاون العلمي إما مع نظرائه الأجانب وإما نيابة عن السلطة المشرفة في إطار الاتفاقيات الثنائية. وتشمل هذه البرامج:
-دعم التنقل وتبادل الباحثين من خلال التمويل المشترك للبعثات التي تدوم بين أسبوع و 5 أشهر في إطار المشاريع البحثية التي يتم تقديمها وتقييمها بصورة مشتركة.
-دعم شبكات البحوث الدولية: GDRI، LIA، UMI ...؛
اتفاقيات التعاون الخاصة بالمركز الوطني للبحث العلمي والتقني
-اتفاقية CNRS / CNRST (فرنسا)
-اتفاقية تعاون CNRST (المغرب) - INSERM (فرنسا)
-اتفاقية تعاون CNRST / EUROMEDITERANEEN 3 + 3 (فرنسا، تونس، الجزائر، ايطاليا، اسبانيا)
-اتفاقية تعاون CNRST (المغرب) - CNRI (إيطاليا)
-اتفاقية تعاون CNRST (المغرب) - FCT (البرتغال)
-اتفاقية NIH / CNRST (هنغاريا)
-اتفاقية تعاون CNRST (المغرب) - توبيتاك (تركيا)
-اتفاقية تعاون CNRST (المغرب) - British Council (بريطانيا)
-اتفاقية CNRST (المغرب) / DFG (ألمانيا)
اتفاقيات التعاون نيابة عن وزارة التعليم العالي
- PHC توبقال
-PHC المغرب العربي
-دعوة لتقديم مشاريع البحث الخاصة بمراكز دراسة الدكتوراه.