Le CNRST gère le programme des bourses de recherche d’excellence, bourses octroyées chaque année à 300 étudiants les plus méritants, La bourse d’excellence est accordée pour une durée de 36 mois non renouvelables. Le montant de la dites bourse est de trois mille dirhams, Elle est destinée à encourager et promouvoir la recherche scientifique nationale dans les thématiques prioritaires pour le développement du Maroc.